Ngả theo họ Đoàn

Tuy loạn Quách Bốc bị dẹp nhưng nhiều nơi còn cát cứ chưa hàng phục triều đình. Nhiều hào trưởng địa phương, tướng triều đình mang quân ly khai.

Xác Cao Tông chưa kịp chôn, trong triều đã xảy ra biến loạn. Tô Trung Từ trở thành quyền thần trong triều. Tháng 12 năm 1210, Đỗ Kính Tu nhận ủy thác của vua trước là Cao Tông mưu giết Trung Từ nhưng không xong, bị Trung Từ bắt dìm chết dưới nước ở bến Đại Thông. Sau đó Nội hầu Đỗ Thế Quy cũng mưu phát binh giết Trung Từ không thành, cũng bị Trung Từ giết chết.

Tháng 7 năm 1211, Tô Trung Từ đang đêm sang Gia Lâm tư thông với công chúa Thiên Cực, bị quan nội hầu Vương Thượng là chồng công chúa giết chết[2]. Con rể Trung Từ là tướng Nguyễn Ma La bị tướng dưới quyền Nguyễn Trinh giết.

Trần Thừa lập kế giết Nguyễn Trinh. Trần Tự Khánh nhân lúc kinh thành bỏ trống, lập tức mang quân về kinh sư, an táng người cậu Tô Trung Từ ở làng Hoạch. Các tướng cát cứ ở Hồng châu là Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi nói vu Trần Tự Khánh với vua Huệ Tông rằng:

Huệ Tông tin là thật, nổi giận, bèn hạ chiếu cho các đạo binh đánh Trần Tự Khánh và giáng Nguyên phi Trần Thị Dung xuống làm Ngự nữ. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi đem binh về kinh sư. Huệ Tông hạ chiếu tấn phong tước hầu cho Đoàn Thượng.

Bỏ chạy lên Lạng Châu

Tuy nhiên, Trần Tự Khánh liên minh với Nguyễn Tự ở Quốc Oai đánh bại họ Đoàn. Sau đó lại nhân Tự chết, Tự Khánh dụ hàng tướng của Tự là Nguyễn Cuộc, kiêm tính vùng Quốc Oai.

Huệ Tông không muốn dựa vào họ Trần nhưng thấy thế lực họ Trần mạnh lên, một mặt truyền cho văn võ bá quan đều phải nghe mệnh lệnh Trần Tự Khánh; mặt khác, Huệ Tông lại cùng với Thái hậu Đàm thị và một số cận thần vẫn ngầm mưu diệt họ Trần.

Đầu năm 1213, Thái hậu sai người đi với các tướng sĩ ở đạo Phù Lạc, ở đạo Bắc Giang, hẹn ngày cùng phát binh đánh Tự Khánh. Đúng ngày đã định, các tướng Phan Thế ở Phù Lạc, Ngô Mãi ở Bắc Giang tiến đến cửa Đại Hưng (cửa nam thành Thăng Long). Tự Khánh đang ở bến Đại Thông, nghe tin đó liền kéo quân lên kinh sư, vào cấm thành, đốt cầu Ngoạn Thiềm rồi lại trở về Đại Thông.

Lý Huệ Tông bèn cùng thái sư Đàm Dĩ Mông tự làm tướng, hẹn với quân Hồng châu đi đánh Tự Khánh, đến Mễ Sở gặp quân của họ Trần do Vương Lê, Nguyễn Cải chỉ huy. Hai bên chưa giao chiến, quân của Lê, Cải mới hò reo tiến lên, quân triều đình đã tự tan vỡ. Vương Lê, Nguyễn Cải bắt được thuyền rồng. Cánh quân đạo Bắc Giang do Thái sư Đàm Dĩ Mông thống xuất tới bến An Diên (Thường Tín, Hà Tây) thì bị quân của Trần Thừa tiến đánh.

Em họ Trần Tự Khánh là Trần Thủ Độ cùng Trần Hiến Sâm ở tả ngạn cũng tiến đánh thắng quân triều đình. Các tướng họ Trần khác là Phan Lân, Nguyễn Nộn từ Quốc Oai tiến đến chợ Dừa đánh thắng các tướng ở Hồng châu là Đoàn Cấm, Vũ Hốt. Lý Huệ Tông thất thế phải chạy lên Lạng Châu, ở nhà Phò mã đồng thời là quan Nội hầu Vương Thượng (chồng công chúa Thiên Cực).

Trần Tự Khánh chiếm được kinh đô, sai người đem thư lên Lạng Châu gặp Huệ Tông để rước về nhưng Huệ Tông không nghe.

Dựa vào Nguyễn Nộn

Không đón được Huệ Tông về kinh, Tự Khánh đón một người con của vua Lý Anh Tông là Huệ Văn vương lập làm vua mới, hiệu là Nguyên vương, cải nguyên là Càn Ninh.

Các bộ tướng của Trần Tự Khánh là Đỗ Bị, Nguyễn Nộn phản lại Tự Khánh khiến tình hình thêm rối ren. Nguyễn Nộn ở Bắc Giang sau khi đánh bại một cuộc tấn công của họ Đoàn bèn phản lại Trần Tự Khánh, xây dựng một thế lực rất lớn. Tự Khánh lấy hết vàng bạc, của cải các kho và phóng hỏa đốt kinh đô rồi đón vua mới là Càn Ninh xuống hành cung Lý Nhân (Hà Nam).

Nguyễn Nộn đem binh đến Thăng Long đánh nhau với Tự Khánh. Huệ Tông và thái hậu đang ở Nam Sách trở về Thăng Long, phong cho Nguyễn Nộn tước hầu để mượn tay Nộn chống họ Trần. Cục diện trong nước lúc này đại thể hình thành ba thế lực: Phía bắc là Nguyễn Nộn, phía đông là Đoàn Thượng, phía nam là Trần Tự Khánh.

Ngoài mấy lực lượng lớn còn có những thế lực nhỏ ở các địa phương. Một thế lực cát cứ khá quan trọng là Ô Kim hầu Lý Bát ở đất Ô Kim (Hoài Đức, Hà Tây). Ở Quy Hóa (miền Yên Bái, Tuyên Quang dọc sông Hồng) có họ Hà, cha truyền con nối cai trị đất trại này. Ngoài ra, còn họ Phạm ở Nam Sách. Khắp nơi trong nước vẫn trong tình trạng hỗn loạn.

Quay về với họ Trần

Đầu năm 1214, Huệ Tông chạy đến hương Bình Hợp (xã Tam Hiệp, huyện Phúc Thọ, Hà Tây), Trần Tự Khánh được hào trưởng địa phương Đỗ Năng Tể giúp đỡ lấy lại Bình Hợp, rồi đem quân bao vây Thăng Long, đốt cung điện, phá nhà cửa. Huệ Tông phải dựng lều tranh để ở.

Đầu năm 1216, Huệ Tông lại lập Trần Thị Dung (trước bị giáng xuống làm Ngự nữ) làm Thuận Trinh Phu nhân. Đàm Thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc, thường chỉ vào Trần Thị Dung mà nói là bè đảng của giặc, bảo Huệ Tông đuổi bỏ đi; lại sai người nói với phu nhân bảo phải tự sát. Huệ Tông biết bèn ngăn lại. Đàm Thái hậu bỏ thuốc độc vào món ăn uống của phu nhân. Mỗi bữa ăn vua chia cho phu nhân một nửa và không lúc nào cho rời bên cạnh.

Tháng 4 năm 1216, các tướng ở Cảo Xã (Nhật Tảo, Từ Liêm, Hà Nội) là Đỗ Át, Đỗ Nhuế chống lại triều đình. Lý Huệ Tông dựa vào Lý Bát, sai Bát đánh lại, nhưng không thắng. Trước tình thế đó, Huệ Tông đành lại quay về nương nhờ anh em họ Trần.

Khi đó trong triều, Đàm Thái hậu ngày ngày muốn giết Trần Thị Dung, sai người cầm chén thuốc độc bắt phu nhân phải chết. Huệ Tông ngăn lại không cho, rồi đêm ấy cùng với phu nhân lẻn đi đến chỗ quân của Tự Khánh; gặp khi trời đã sáng, phải nghỉ lại ở nhà tướng quân Lê Mịch ở huyện Yên Duyên, gặp tướng của Tự Khánh là Vương Lê đem binh thuyền đến đón.

Huệ Tông bèn đỗ lại ở bãi Cửu Liên và truyền cho Tự Khánh đến chầu. Tự Khánh đón được Huệ Tông, bèn phế Nguyên vương mà mình từng đưa lên ngôi xuống làm Huệ Văn vương.